Việc nghiên cứu, ứng dụng có nhiều đột phá, thể hiện qua các đề tài đã được chuyển giao mang lại hiệu quả kinh tế rõ rệt cho ngành thủy sản khu vực miền trung và Tây Nguyên.
Chỉ tính từ năm 2012 đến nay, cơ quan nghiên cứu này đã thực hiện 27 đề tài nghiên cứu; trong đó có tám đề tài cấp Nhà nước, 11 đề tài cấp bộ, ba dự án khuyến ngư trung ương... Ðề tài tiêu biểu mới đây nhất là "Nghiên cứu, ứng dụng chỉ thị phân tử và các phương pháp khác để lựa chọn nguồn vật liệu phục vụ chọn giống nâng cao sinh trưởng trên cua xanh" của Tiến sĩ Lê Văn Chí, kinh phí thực hiện ba tỷ đồng, từ năm 2011 đến 2013. Ðề tài đã hoàn thành nuôi vỗ cua bố mẹ, sàng lọc, cắt mắt, cho kết cặp và sinh sản tạo thế hệ con. Kết quả nghiên cứu đã tạo được chín quần đàn cua với tổng số khoảng 27 nghìn con. Hiện, nghiên cứu được ứng dụng để nuôi ương các quần đàn F1 ở cả ba miền bắc, trung, nam.
Nghiên cứu điển hình nữa là "Sử dụng các hoạt chất sinh học bổ sung vào thức ăn nuôi phát dục tôm sú, tôm chân trắng nhằm nâng cao chất lượng đàn tôm bố mẹ", kinh phí thực hiện 2,3 tỷ đồng, từ năm 2012 đến 2013. Kết quả nghiên cứu đã sản xuất được 1,5 triệu con tôm sú giống; 1 triệu con tôm thẻ chân trắng giống. Ðề tài đã phân tích thành phần sinh hóa của các loại thức ăn tươi nuôi tái phát dục phổ biến và buồng trứng tôm sú, tôm chân trắng thành thục; đồng thời, xác định các hoạt chất sinh học thông qua việc đánh giá hiệu quả nuôi tôm bố mẹ tái phát dục dựa trên cơ sở sử dụng nhiều khẩu phần thức ăn khác nhau.
Nhiều kết quả nghiên cứu khác của Viện cũng đang được ứng dụng hiệu quả, như: sản xuất giống bán đơn và thử nghiệm nuôi thương phẩm hàu thái bình dương và hàu muỗng tại tỉnh Bình Ðịnh; phát triển nuôi cua biển; lưu giữ nguồn gen và giống thủy sản nước lợ, mặn; hoàn thiện quy trình sản xuất ghẹ lột; quy trình nuôi cá lăng nha thương phẩm ở tỉnh Kon Tum...