Với tổng diện tích nuôi trồng thủy sản năm 2019 là 1.837 ha, huyện xác định các đối tượng nuôi chủ lực, có giá trị kinh tế cao như tôm thẻ chân trắng, tôm sú, ngao Bến Tre... Các tháng vừa qua, huyện đã chỉ đạo các xã chuyển 355 ha đất trồng lúa sâu trũng kém hiệu quả sang sản xuất theo mô hình trang trại tổng hợp như lúa - cá... Chuyển 136 ha đất sản xuất muối kém hiệu quả và vùng ven đê nhiễm mặn sang nuôi nước lợ. Trong năm 2018 huyện đã chuyển đổi được 35 ha đất sản xuất muối, lúa kém hiệu quả sang nuôi tôm thẻ chân trắng cho giá trị kinh tế cao.
Năm 2019, huyện tiếp tục chuyển đổi 86,15 ha, chủ yếu là đất lúa vùng trũng và đất làm muối kém hiệu quả sang nuôi trồng thủy sản. Hoàn thành đề án chuyển đổi đất sản xuất muối tại 2 xã (Hòa Lộc và Hải Lộc) nhằm nâng cao giá trị sản xuất, thu nhập cho diêm dân. Thực hiện 2 mô hình thâm canh tôm thẻ chân trắng công nghiệp trong nhà bạt, áp dụng quy trình thực hành nuôi VietGAP bảo đảm môi trường và an toàn dịch bệnh cho sản phẩm, an toàn vệ sinh thực phẩm và thu nhập cao tại xã Hòa Lộc. Phát triển nuôi ngao Bến Tre với diện tích 703 ha tại các xã vùng bãi ngang của huyện.
Hiện nay, UBND huyện và các xã đã và đang phối hợp với các đơn vị chuyên môn hướng dẫn chủ đồng kỹ thuật cải tạo ao đầm, nuôi tôm hiệu quả, quản lý môi trường nuôi, lịch thời vụ, mật độ thả giống phù hợp cho tôm, ngao, cá,... nuôi sinh trưởng, phát triển tốt. Tăng cường công tác quản lý Nhà nước về phòng, chống dịch bệnh, kiểm soát các đối tượng đưa giống tôm đến địa phương bán phải có đủ các giấy tờ đã chứng nhận kiểm dịch tại nơi sản xuất.