Các cơ quan chức năng đã có khuyến cáo không nên phát triển ồ ạt nuôi cá tra giống, vì rất dễ dẫn dến các nguy cơ khó lường, trong đó có việc mất cân đối cung cầu và phát sinh dịch bệnh. Tuy nhiên chỉ trong thời gian ngắn, hàng trăm hộ dân tại huyện Tân Hưng tự ý chuyển hơn 1.000ha đất trồng lúa sang đào ao nuôi cá. Bên cạnh những hộ nuôi thu lợi nhuận hàng trăm triệu đồng mỗi vụ thì vẫn có không ít người chịu thua lỗ do đổ xô nuôi theo phong trào, chưa nắm bắt kỹ thuật nuôi. Sau khi thu hoạch cá, người nuôi đều đổ nước thải trực tiếp ra các tuyến kênh.
Theo thông tin từ Trung tâm Khuyến nông tỉnh Long An, tại một số xã: Hưng Điền, Hưng Điền B và thị trấn Tân Hưng, huyện Tân Hưng, nhiều ao ươm cá tra giống có hiện tượng nhiễm bệnh và chết với tỷ lệ cao.
Khảo sát tại các ao nhiễm bệnh, cá chết từ 10-30%, có ao cá chết 100%. Theo quan sát cảm quan, cá có dấu hiệu xuất huyết, thối đuôi, phù đầu, trắng mang và gan thận mủ. Đa số các ao cá nhiễm bệnh có màu nước xanh đậm, đục và tảo phát triển nhiều. Cá tra giống bị hiện tượng đa bội nhiễm, nguyên nhân gây bệnh chủ yếu do nấm, ký sinh trùng, vi khuẩn và môi trường,...
Theo Trưởng Phòng Tài nguyên và Môi trường huyện - Nguyễn Văn Nghĩa, hầu hết diện tích thả nuôi đều do người dân tự phát, nguồn nước để nuôi cá và nước thải được lấy, xả trực tiếp từ các tuyến kênh; không có ao xử lý nước thải nên tiềm ẩn nhiều nguy cơ ô nhiễm môi trường và lây lan dịch bệnh. Việc xả thải nước trực tiếp ra bên ngoài dẫn đến ô nhiễm môi trường; mặt khác, việc sử dụng cùng kênh cấp, thoát nước làm phát tán mầm bệnh.
Dịch bệnh phát sinh còn do người nuôi thả ươm cá bột với mật độ dày (1.000 con/m2) và con giống chưa có nguồn gốc, xuất xứ rõ ràng nên dễ nhiễm bệnh. Đa số người nuôi chưa nắm bắt kỹ thuật ươm, nhất là phương pháp phòng và trị bệnh hiệu quả. Theo thống kê, hiện có 80% diện tích ao nuôi ở Tân Hưng bị nhiễm bệnh.
Nguy cơ dịch bệnh hiện ngày càng tăng bởi theo phản ánh, khoảng 1 tuần qua, người dân sống tại ấp Gò Chuối, xã Hưng Điền bị “tra tấn” bởi mùi hôi thối bốc ra từ các bao cá chết bị đổ xuống cặp tuyến lộ kênh rạnh. Theo anh Vũ, người dân địa phương cho biết, nhiều ngày nay, cá chết do nhiễm bệnh, người dân không xử lý, chôn cất mà tự ý đổ xuống khu vực này.
Cá chết đổ ngay bên bờ kênh thoát nước dẫn đến ô nhiễm môi trường.