Hiện nay, thị trường tiêu thụ hải sản xuất khẩu gặp khó khăn do rào cản thương mại và kỹ thuật từ các nước nhập khẩu và sự cạnh tranh gay gắt từ các nguồn cung. Trong khi đó, nguyên liệu chế biến xuất khẩu và gia công xuất khẩu vẫn còn nhiều vướng mắc, bất cập bởi các quy định liên quan đến thuế nhập khẩu. Hiện thuế nhập khẩu của Việt Nam cao hơn so với các nước trong khu vực. Trước thực tế này, Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP) đã đề nghị Bộ Tài chính xem xét giảm thuế nhập khẩu một số nguyên liệu thủy sản.
Tại Công văn số 6657/BTC-CST trả lời kiến nghị của VASEP về các vướng mắc liên quan đến thuế - phí - hải quan, Bộ Tài chính cho rằng, đối với các loại nguyên liệu trong nước đã và đang nuôi trồng được như: tôm sú, tôm chân trắng, mực, bạch tuộc đã được quy định mức thuế suất hợp lý nhằm khuyến khích nuôi trồng trong nước, hạn chế phụ thuộc vào nguồn nguyên liệu nhập khẩu.
Trước thực tế này, VASEP vẫn tiếp tục bảo lưu ý kiến đề nghị Bộ Tài chính xem xét giảm thuế nhập khẩu nguyên liệu thủy sản xuống 0% đối với một số loài thủy sản còn đang chịu mức thuế cao. Theo VASEP, nhiều nguyên liệu trong nước chỉ đáp ứng được khoảng 70-75% nhu cầu chế biến xuất khẩu, tương ứng với 60-65% công suất của nhà máy. Thiếu nguyên liệu cũng là một trong những nguyên nhân khiến hoạt động xuất khẩu hải sản giảm liên tục trong 2 năm qua, VASEP cho rằng, mặc dù các DN đã được hưởng ân hạn thuế 275 ngày nhưng với mức thuế suất thuế nhập khẩu của một số mặt hàng có giá trị thương mại cao như: tôm các loại vẫn đang chịu thuế từ 10-15%; cá ngừ từ 12-24%, mực bạch tuộc từ 10-17%… thì đa số các DN phải tạm nộp thuế. Điều này khiến cho gánh nặng về hạn mức tín dụng và lãi suất phải trả khi “tạm nộp thuế” khá lớn, giảm sức cạnh tranh của DN trong nước so với các nước khác.