Hạn chế của Chlorine:
Khi dùng Chlorine có thể để lại dư lượng của khí Clo gây độc cho thủy sản.
Giảm tác dụng khi độ pH cao, đặc biệt là khi pH trên 8.
Không nên lạm dụng Chlorine trong diệt khuẩn vì khi diệt nhiều đáy ao khó gây màu nước ảnh hưởng vụ nuôi.
Lưu ý khi sử dụng Chlorine trong xử lý ao nuôi thủy sản:
Một là, chỉ nên dùng Chlorine (Clo) để xử lý nguồn nước cấp (tức là dùng trong ao lắng hoặc ao nuôi chưa có tôm cá) vì dư lượng Clo sẽ gây độc cho cá, tôm nuôi và các loài thủy sinh vật.
Hai là, không nên sử dụng Clo khi nước ao giàu dinh dưỡng, chất hữu cơ vì sẽ xảy ra phản ứng phụ sinh ra chất độc gây hại cho thủy sản.
Ba là, khi đã sử dụng Clo thì không được sử dụng các hóa chất diệt khuẩn khác như: BKC, formaline…
Bốn là, không nên bón vôi trước khi sử dụng clo vì Clo sẽ bị giảm tác dụng khi độ pH cao.
Năm là, liều lượng Chlorine dùng để khử trùng đáy ao là 50 - 100 g/m3, khử trùng nước 20 - 30 g/m3.Chlorine được dùng phổ biến nhất với liều xử lý là 20 - 30 ppm nếu pH nước <7,5. Liều lượng này có thể tăng hoặc giảm tùy thuộc vào lượng chất hữu cơ có trong nguồn nước và độ pH của nước. Độ pH càng cao, hàm lượng chất hữu cơ càng nhiều thì cần phải tăng liều xử lý của Chlorine.
Sáu là, phổ diệt trùng của Clo rất rộng nên hầu như tất cả các loại vi khuẩn có lợi lẫn có hại đều bị tiêu diệt, dẫn đến đáy ao bị trơ và khó gây màu. Vì vậy, cần sử dụng các loại men vi sinh để khôi phục lại hệ vi sinh của đáy ao sau khi sử dụng Clo.
Đối với ao tôm, sau khi sử dụng Clo 4 ngày tiến hành chạy quạt mạnh để giảm hàm lượng Clo tồn dư và có thể sử dụng bộ test Clo có trên thị trường để kiểm tra hàm lượng Clo tồn dư sau đó sử dụng NatriThiosulfate để trung hòa Clo với liều lượng 0.99 mg/L NatriThiosulfate để trung hòa được 1mg/L Cl2.