Xác định tăng cường công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản là một trong những nhiệm vụ trọng tâm nhằm giữ gìn tài nguyên biển không bị cạn kiệt, đảm bảo sinh kế lâu dài cho ngư dân; thời gian qua, huyện Ninh Hải đã chủ động xây dựng kế hoạch tổ chức tuyên truyền, vận động ngư dân ký cam kết không sử dụng chất nổ khai thác thủy sản. Qua đó, ý thức của một bộ phận ngư dân từng bước được nâng lên trong việc khai thác đi đôi với bảo vệ môi trường, tích cực hỗ trợ lực lượng chức năng kiểm tra, ngăn chặn, xử lý tình trạng buôn bán các loại chất nổ, chất độc để khai thác thủy sản trái phép, tình trạng buôn bán chất nổ đã giảm dần. Đơn cử, từ khai báo của người dân, ngày 9-6 vừa qua, lực lượng chức năng đã bắt một đối tượng vận chuyển 5 kg chất nổ đi tiêu thụ.
Ngư dân làm nghề vây rút mùng được xác định là đối tượng chủ yếu sử dụng chất nổ khai thác thủy sản trái phép làm hủy hoại môi trường sinh thái biển, huyện đề ra giải pháp ngăn chặn, đó là thực hiện mô hình thí điểm vận động các chủ tàu làm nghề vây rút mùng ở xã Thanh Hải (loại mắt lưới nhỏ) khai thác vùng lộng chuyển sang vùng khơi. Cách làm của huyện không áp đặt cứng nhắc, có sự linh động, phù hợp với điều kiện thực tế, để những ngư dân có điều kiện kinh tế khó khăn không mất kế sinh nhai. Nhờ được tạo điều kiện của ngành chức năng, chính quyền các cấp trong việc hỗ trợ tiếp cận vốn ngân hàng đầu tư mua lưới cụ chuyển đổi nghề, nên đến nay số tàu công suất dưới 20 CV làm nghề vây rút mùng giảm đáng kể từ 636 chiếc xuống còn 300 chiếc. Các chủ tàu công suất nhỏ chưa kịp chuyển đổi nghề khai thác cũng đã ký cam kết không sử dụng chất nổ khai thác thủy sản để bảo vệ hệ sinh thái biển.
Không những thực hiện khai thác thủy sản theo hướng bền vững, ngư dân Ninh Hải còn tận dụng nguồn nước nuôi tôm, cua, ghẹ, hàu cho thu nhập hàng trăm triệu đồng/ha/năm. Nghề nuôi trồng thủy sản ở địa phương đang ngày phát triển khi huyện đã quy hoạch vùng nuôi tập trung quy mô 500 ha quanh khu vực Đầm Nại, vùng nuôi tôm giống ở xã Nhơn Hải, Thanh Hải với 190 trại, hằng năm sản xuất được khoảng 5 tỷ con post chất lượng cao. Nhằm khai thác tối đa tiềm năng, lợi thế biển, thời gian gần đây, huyện tập trung chỉ đạo triển khai các mô hình trình diễn, hoàn thiện quy trình nuôi áp dụng kỹ thuật tiên tiến chuyển giao cho bà con.
Tuy vậy, việc mở rộng nuôi trồng thủy sản không theo quy hoạch, mang tính tự phát của một số hộ dân đã làm mất dần diện tích vùng triều ven Đầm Nại có diện tích tự nhiên khoảng 1.200 ha, vốn được biết đến là đầm phá kiểu nhiệt đới khô hạn ven biển điển hình với hệ sinh thái rừng ngập mặn và nguồn lợi thủy sản phong phú. Theo khảo sát của cơ quan chức năng, từ năm 2000 đến nay có hàng trăm ha thảm thực vật tươi tốt quanh Đầm Nại đã bị chuyển đổi thành các đìa nuôi trồng thủy sản, làm giảm đáng kể số lượng các loài tôm, cá sống ở tầng đáy. Trong khi đó, việc kiểm soát xả thải xuống Đầm Nại từ hoạt động kinh tế và dân sinh của hàng trăm hộ dân sống quanh khu vực đang gặp khó khăn, ảnh hưởng xấu đến chất lượng nước. Đồng chí Trần Hữu Nhân, Trưởng phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện, cho biết: Ninh Hải đang thực hiện chương trình chuyển đổi đa dạng trong sản xuất, nuôi trồng thủy sản nhằm nâng tỷ trọng nuôi trồng trong ngư nghiệp từ 50% hiện nay lên 60% vào năm 2020. Huyện đề ra giải pháp quy hoạch Đầm Nại trên cơ sở phục hồi hệ sinh thái theo phân vùng, dựa vào các hoạt động sản xuất kinh tế ven đầm, nhằm bảo đảm hài hòa lợi ích giữa các ngành, các nhóm trong cộng đồng. Tăng cường bảo tồn nguồn lợi tự nhiên thông qua bảo vệ sinh cảnh trong đầm, thả bổ sung nguồn giống hằng năm cho phát triển tái tạo dài hạn. Xây dựng các mô hình quản lý tài nguyên dựa vào cộng đồng, mô hình nuôi trồng thủy sản kết hợp nhiều đối tượng trên cùng diện tích nhằm cải thiện môi trường mặt nước, giảm thiểu tình trạng ô nhiễm.