Từ vị trí địa lý và định hướng vươn lên từ kinh tế biển, đến nay huyện đảo vẫn luôn chú trọng phát huy thế mạnh về khai thác, nuôi trồng thủy sản và dịch vụ hậu cầu nghề cá trên biển. Hiện năng lực tàu thuyền trên toàn địa bàn Phú Quý có 1.404 chiếc/246.631 CV, riêng tàu cá công suất từ 90 CV trở lên là 520 chiếc/231.876 CV (trong đó có 152 chiếc/78.417 CV làm dịch vụ thu mua và chế biến hải sản). Đến nay trong tổng số 55 hợp tác xã ở huyện đảo cũng có đến 41 hợp tác xã thu mua hải sản và 4 hợp tác xã vận tải biển, ngoài ra còn có 32 tổ đoàn kết khai thác hải sản trên biển, hơn 170 tổ hợp tác chủ yếu là đánh bắt hải sản. Thời gian qua, nghề nuôi trồng thủy sản bằng lồng bè tại Phú Quý tiếp tục được duy trì với hàng chục cơ sở tham gia nuôi một số đối tượng cho hiệu quả kinh tế cao như cá mú đỏ, cá mú cọp, cá bớp, cá chình…
Theo địa phương, từ khi có Nghị định 67 của Chính phủ về chính sách phát triển thủy sản, đơn vị chức năng và UBND các xã luôn tích cực tuyên truyền, vận động, hỗ trợ chuyển đổi ngành nghề trong đánh bắt thủy sản. Nhờ đó người dân đã mạnh dạn đầu tư tàu cá công suất lớn để vươn khơi đánh bắt xa bờ hoặc tham gia dịch vụ hậu cần nghề cá, góp phần phát triển kinh tế huyện nhà cũng như đảm bảo sự có mặt thường xuyên của công dân Việt Nam trên vùng biển Đông… Với năng lực tàu thuyền không ngừng tăng thêm và đánh bắt ở những ngư trường lớn, vì thế sản lượng khai thác hải sản của Phú Quý trong năm 2017 đạt 28.054 tấn, còn tính riêng quý I/2018 ước đạt 2.772 tấn (chủ yếu là cá và mực).
Dù đạt một số kết quả trong thực hiện tái cơ cấu nông nghiệp, nhưng UBND huyện Phú Quý cũng thừa nhận địa phương chưa khai thác mạnh mẽ tiềm năng, lợi thế về kinh tế biển. Bởi thực tế cho thấy các loại hình kinh tế trên địa bàn còn phát triển chậm, người dân chưa mạnh dạn đầu tư dây chuyền, thiết bị vào chế biến sản phẩm mà chủ yếu bán thô hoặc sơ chế… Do vậy thời gian đến, Phú Quý sẽ tiếp tục đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng lấy kinh tế biển làm trung tâm, đồng thời phát triển hợp lý công nghiệp chế biến, công nghiệp cơ khí và dịch vụ hậu cần. Trên cơ sở đó tiến tới hình thành Trung tâm khai thác và dịch vụ hậu cần nghề cá, huy động tối đa các nguồn lực để xây dựng kết cấu hạ tầng đồng bộ, gắn phát triển kinh tế - xã hội địa phương với tăng cường quốc phòng - an ninh và đảm bảo hậu cứ vững chắc của quần đảo Trường Sa…