Hiện nay, nghề nuôi cá tra đang phát triển mạnh về sản lượng, diện tích thả nuôi, mức độ thâm canh cao và đã hình thành nên một chuỗi sản xuất ngành hàng cá tra. Trong mô hình nuôi cá tra thâm canh thì thức ăn tự chế được sử dụng nhiều, thay nước thường xuyên đã thải ra một lượng chất thải lớn chưa qua xử lý, có khả năng gây ô nhiễm môi trường nước. Khi sản xuất được 1 tấn cá tra thì cần 3,2 - 3,6 tấn thức ăn tự chế biến hoặc từ 1,5 - 1,6 tấn thức ăn công nghiệp. Thức ăn thừa, chất thải của cá và một số thuốc, hóa chất sử dụng trong quá trình nuôi tạo thành một lượng lớn bùn đáy. Lượng bùn đáy này ảnh hưởng lớn đến chất lượng nước ao nuôi, sức khỏe cá nuôi và tác động lên môi trường xung quanh, làm ảnh hưởng đến sự bền vững của nghề nuôi. Đặc biệt, các nhà nhập khẩu mặt hàng cá tra phi lê đòi hỏi các quy trình sản xuất sạch có liên quan đến việc xử lý chất thải từ ao nuôi một cách nghiêm ngặt. Các tiêu chuẩn sản xuất đòi hỏi việc lưu giữ và xử lý bùn đáy là rất quan trọng.
Qua nghiên cứu cho thấy, sử dụng bùn đáy ao nuôi cá tra thâm canh để trồng ớt, bắp lai tiết kiệm được chi phí nhiều nhất. Tuy nhiên, nếu vùng trồng hoa màu ở xa khu vực nuôi cá thì chi phí cho vận chuyển bùn đáy ao cá tra sẽ không mang lại hiệu quả kinh tế cho nông dân.
Nhóm nghiên cứu đề xuất nên nuôi cá tra bằng thức ăn công nghiệp hoàn toàn, chọn loại thức ăn chất lượng tốt. Bổ sung men tiêu hóa cho cá nhằm tăng khả năng tiêu hóa và hấp thu thức ăn. Hỗ trợ hình thành các tổ hay các hợp tác xã sản xuất nông nghiệp bằng bùn đáy ao nuôi cá tra gần vùng nuôi cá tra, giới thiệu đến người tiêu dùng nhằm nêu lên những giá trị tái sử dụng của bùn đáy ao cá tra trong sản xuất nông nghiệp.