Trong thời gian qua, ngành nông nghiệp và các địa phương đã thực hiện nhiều giải pháp, ban hành các chính sách khuyến khích thu hút đầu tư, phát triển nuôi trồng thủy sản các sản phẩm có lợi thế, như: Tôm thẻ chân trắng, ngao Bến Tre, cá rô phi...
Đến nay, toàn tỉnh đã phát triển 350 ha diện tích nuôi tôm thẻ chân trắng theo hướng thâm canh, bán thâm canh, chiếm 99% tổng diện tích nuôi và chỉ có 1% nuôi quảng canh. Trên địa bàn tỉnh đã hình thành nhiều vùng nuôi tôm thẻ chân trắng thâm canh tập trung tại các xã Hoằng Yến, Hoằng Phụ (Hoằng Hóa); Quảng Nham, Quảng Chính (Quảng Xương); Hải Ninh, Xuân Lâm, Trúc Lâm, Thanh Thủy (Tĩnh Gia)... Các vùng từng bước áp dụng nuôi theo hướng VietGAP, nhiều hộ nuôi đã mạnh dạn đầu tư mái che, áp dụng công nghệ biofloc, nuôi tôm thương phẩm trong bể xi măng cho năng suất cao hơn 20 - 30% so với hình thức nuôi bình thường... Đa phần các ao nuôi 2 vụ/năm, một số nơi luân canh tới 3 vụ/năm, năng suất bình quân 15 tấn/ha/vụ; sau khi trừ chi phí, cho lợi nhuận từ 300 đến 500 triệu đồng. Hàng năm, tôm thẻ chân trắng trên địa bàn tỉnh đạt sản lượng từ 3.000 đến 3.500 tấn thương phẩm. Trong nuôi cá rô phi, các địa phương đã chủ động chuyển đổi một phần diện tích đất sản xuất nông nghiệp kém hiệu quả kinh tế sang mô hình nuôi cá rô phi đơn tính theo quy trình VietGAP, tạo ra sản phẩm bảo đảm an toàn thực phẩm, đáp ứng yêu cầu của thị trường trong nước và hướng tới xuất khẩu. Đến nay, toàn tỉnh đã mở rộng diện tích nuôi cá rô phi đơn tính gần 90 ha tập trung ở các huyện Hà Trung, Hoằng Hóa, Quảng Xương, Nông Cống... đạt năng suất từ 10-12 tấn/ha. Ngoài ra, phần lớn diện tích nuôi thủy sản nước ngọt đều được các hộ dân thả cá rô phi theo hình thức xen ghép. Để khuyến khích người nuôi, Trung tâm Khuyến nông tỉnh đã tổ chức nhiều lớp tập huấn kỹ thuật cho các hộ nuôi về biện pháp trong quá trình nuôi cá rô phi đơn tính theo quy trình VietGAP. Xây dựng các mô hình liên kết nuôi cá rô phi gắn với tiêu thụ sản phẩm, giúp ổn định khâu tiêu thụ sản phẩm, tạo sản phẩm an toàn vệ sinh thực phẩm.
Theo đề án tái cơ cấu ngành nông nghiệp của tỉnh, giai đoạn 2015 – 2020 xác định cá rô phi là một trong 4 con nuôi chủ lực trong phát triển thủy sản của tỉnh và đặt mục tiêu đến năm 2020 sẽ đạt 1.000 ha nuôi cá rô phi đơn tính phục vụ xuất khẩu, năng suất đạt 20 tấn/ha, sản lượng 20.000 tấn; đến năm 2025 là 1.500 ha, năng suất 20 tấn/ha, sản lượng 30.000 tấn, chủ yếu tại các vùng cá - lúa đã có hạ tầng đầu mối. Đây sẽ là nguồn nguyên liệu cung cấp cho các nhà máy chế biến trong tỉnh, xuất khẩu sang thị trường các nước châu Âu.
Hiện các ngành có liên quan của tỉnh, địa phương đang tập trung phát triển các vùng nuôi trồng thủy sản thâm canh tập trung ứng dụng công nghệ cao, đầu tư cơ sở hạ tầng đồng bộ, áp dụng khoa học - kỹ thuật, quy trình sản xuất tiên tiến để mở rộng sản xuất. Tiếp tục vận động nhân dân chuyển đổi diện tích ruộng trũng cấy lúa năng suất thấp sang nuôi trồng thủy sản nước ngọt xen ghép cá rô phi. Phát triển các sản phẩm có lợi thế, như: Tôm he chân trắng, ngao Bến Tre, cá rô phi.
Triển khai thực hiện Kế hoạch số 101/KH-UBND ngày 11-5-2018 của UBND tỉnh về phát triển ngành tôm tỉnh Thanh Hóa trở thành ngành sản xuất lớn, bền vững, thích ứng với biến đổi khí hậu và bảo vệ môi trường sinh thái. Tiếp tục đầu tư xây dựng hoàn thiện kết cấu hạ tầng vùng nuôi trồng thủy sản Đông - Phong - Ngọc (Hà Trung); vùng nuôi tôm công nghiệp tập trung tại xã Minh Lộc (Hậu Lộc). Nâng cấp hạ tầng vùng nuôi tôm công nghiệp tập trung đã có tại địa phương trong tỉnh. Khuyến khích các doanh nghiệp, cơ sở sản xuất nuôi trồng thủy sản đầu tư mở rộng quy mô. Đồng thời, tăng cường công tác quản lý Nhà nước về kỹ thuật, môi trường để hạn chế rủi ro về môi trường, dịch bệnh, tổ chức sản xuất nuôi trồng thủy sản theo hướng liên kết các khâu trong chuỗi giá trị.