Tại thời điểm khó khăn như hiện nay, khi các DN xuất khẩu thủy sản đang phải đối mặt với nhiều vụ kiện chống bán phá giá, chống trợ cấp, những rào cản thương mại,... thì việc tăng phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp từ 6 đến 10% so với các quy định trước đó , phân tích của Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP), sẽ lại góp phần làm tăng chi phí sản xuất và làm giảm năng lực cạnh tranh của DN. Nhất là với DN chế biến hải sản luôn có đặc thù sử dụng nhiều nước trong các hoạt động nên chi phí sản xuất cao.
Bên cạnh đó, nhiều bất cập trong việc áp dụng các quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải công nghiệp đã và đang ngày càng làm khó DN. Ví dụ như, cách hiểu và áp dụng Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải công nghiệp chế biến thủy sản (QCVN11), đặc biệt điều chỉnh chỉ tiêu phospho cho phù hợp với lĩnh vực chế biến thủy sản tại từng địa phương không nhất quán khiến các DN ngành đặc thù nhưng không được hưởng ưu tiên đặc thù.
Một số chỉ số quy định trong Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải công nghiệp (QCVN40) và QCVN11 quá thấp so với mức quy định của các nước và đặc biệt khó thực hiện đối với ngành Chế biến thủy sản. Ngoài ra, cùng theo một quy chuẩn nhưng tại các địa phương, các khu công nghiệp lại có cách tính phí xử lý nước thải không giống nhau...
VASEP cho biết, từ 15/5/2012, tổ chức này đã từng gửi Công văn 49/2012/CV-VASEP tới Bộ Tài nguyên và Môi trường nêu kiến nghị của DN thủy sản, mong muốn được hưởng quy định đặc thù đối với ngành sản xuất đặc thù. Tuy nhiên, cho đến nay, phần lớn các khó khăn của DN thủy sản vẫn chưa được tháo gỡ.
Gần nhất, ngày 28/8/2013, VASEP tiếp tục gửi Công văn số 182/2013/CV-VASEP đến Bộ Tài nguyên và Môi trường, đề nghị xem xét, sửa đổi và tháo gỡ khó khăn cho DN thủy sản trong việc thực hiện các quy định về quản lý môi trường với nguyện vọng sớm có những sửa đổi phù hợp trong các quy chuẩn đang có hiệu lực thi hành, góp phần nhanh chóng giải quyết khó khăn cho DN.