Vườn Quốc Gia Côn Đảo có hơn 882 loài thực vật trong đó có đến 371 loài thân gỗ, 30 loài phong lan, 103 loài dây leo, 202 loài thảo mộc. Động vật ở đây cũng có nhiều loại như chồn, sóc, kỳ đà, khỉ, hươu, nai, gà rừng…trong đó có 18 loài quý hiếm, đặc biệt nhất phải kể đến loài sóc mun toàn thân đen tuyền không thấy ở nơi nào khác trên đất nước ta.
Ngoài ra, Côn Đảo còn có quần thể rùa biển rất lớn với hai loài thường gặp là đồi mồi và tráng đông, hàng năm vào mùa sinh sản, có hàng ngàn lượt rùa biển lên các bãi cát để đẻ trứng. Từ năm 1995 đến nay, hơn 300.000 rùa con đã được thả về biển và gần 1.000 con rùa trưởng thành đã được gắn thẻ.
Bên cạnh đó, sự cô lập của côn Đảo với đất liền cũng tạo nên sự đa dạng phong phú của một số loài cá và san hô, có trữ lượng ốc đá lớn nhất thế giới, cùng với đó là hệ sinh thái các rừng ngập mặn và cò biển. Mối liên hệ của rạn san hô, thảm cỏ biển và rừng ngập mặn đã tạo nên một môi trường thuận lợi cho sinh sản, ươm giống và bảo tồn các loài sinh vật biển.
Quần đảo Côn Đảo bao gồm các tiểu đảo khác nhau như hòn Bảy Cạnh, hòn Tài, hòn Tre, hòn Trứng, hòn Trác hay hòn Cau,... là nơi hội tụ các dải san hô với mật độ vào bậc nhất Việt Nam và cũng là nơi lý tưởng để khám phá phá thế giới đại dương kỳ thú với hoạt động lặn ngắn san hô và câu cá trên biển.
Bên cạnh đó, các loại hình du lịch sinh thái đang được khai thác tại Vườn quốc gia Côn Đảo gồm: Nghỉ dưỡng ngắm cảnh thiên nhiên, tắm biển, câu cá, leo núi, bơi lặn, băng rừng khám phá, nghiên cứu khoa học. Vườn Quốc gia Côn Đảo đang được Bộ Tài nguyên và Môi trường hoàn tất các thủ tục đề nghị là khu Ramsar mới của Việt Nam.
Theo tin từ Ban quản lý Vườn quốc gia Côn Đảo cho biết, hiện nay có 3 công ty đang hợp tác với Vườn quốc gia Côn Đảo khai thác dịch vụ bơi, lặn biển ngắm san hô gồm: Công ty TNHH Cầu vồng Việt Nam, Công ty TNHH lặn biển Côn Đảo và Công ty TNHH Giác quan Côn Đảo. Mỗi năm, 3 công ty trên đón và phục vụ khoảng 1.500 du khách tham gia bơi, lặn ngắm san hô và khám phá các loại sinh vật biển.