Trong khi chờ kết quả xác định nguyên nhân làm hải sản chết bất thường, để kịp thời xử lý, và khắc phục tình hình, Bộ Nông nghiệp và PTNT, ngày 21/4/2016, Bộ Nông nghiệp và PTNT đã có Công văn số 3179/BNN-TCTS gửi UBND các tỉnh ven biển từ Hà Tĩnh đến Thừa Thiên Huế về việc xử lý hiện tượng hải sản chết bất thường tại các tỉnh ven biển Bắc Trung Bộ.
Theo đó, Bộ Nông nghiệp và PTNT đề nghị UBND các tỉnh ven biển từ Hà Tĩnh đến Thừa Thiên Huế chỉ đạo các cơ quan chức năng triển khai thực hiện ngay một số nhiệm vụ. Đối với việc xử lý cá chết, nghiêm cấm sử dụng cá chết làm thực phẩm dưới mọi hình thức. Khẩn trương tổ chức thu gom cá chết và tiêu hủy theo quy định để hạn chế ô nhiễm môi trường. Đồng thời tổ chức tuyên truyền để người dân yên tâm, không hoang mang, hướng dẫn người dân phân biệt cá chết bất thường với cá khai thác trên biển và cá nuôi, yêu cầu người dân không thu gom cá chết để tiêu thụ trên thị trường gây ảnh hưởng đến vệ sinh an toàn thực phẩm.
Các địa phương cần phối hợp với các cơ quan Trung ương để lấy mẫu xác định nguyên nhân cá chết, đề xuất các biện pháp khắc phục và thông báo kịp thời để người dân biết. Thống kê thiệt hại, khôi phục sản xuất và bảo vệ nguồn lợi thủy sản, chủ động bố trí kinh phí địa phương đẻ xử lý, áp dụng các chính sách hỗ trợ khắc phục hậu quả theo quy định.
UBND các tinh chỉ đạo các cơ quan quản lý nuôi trồng thủy sản hướng dẫn người nuôi thường xuyên theo dõi các đối tượng nuôi thủy sản để kịp thời phát hiện các dấu hiệu bất lợi của môi trường nuôi. Tạm thời chưa thả giống, không lấy nước vào bè nuôi, ao đầm nuôi ven biển vùng bị thiệt hại trong khi chờ xác định nguyên nhân. Cần chuẩn bị tốt con giống, vệ sinh lồng bè, ao đầm nuôi, chú trọng quan trắc môi trường và chất lượng nước để kịp thời phát hiện các vấn đề bất thường trước khi cấp nước vào các ao/đầm nuôi trồng thủy sản ven biển.