Thiên tai ở khu vực Đồng bằng sông Cửu Long không chỉ gây thiệt hại nặng nề nhất trong 100 năm gần đây mà đến nay đã trở thành đợt thiên tai nặng nề nhất trong lịch sử. Mặc dù Chính phủ cùng Đảng bộ, chính quyền và nhân dân các địa phương trong vùng đã nỗ lực triển khai nhiều biện pháp để hạn chế thấp nhất thiệt hại gây ra, nhưng đến hôm nay, xâm nhập mặn đã lan sâu vào 9 trong tổng số 13 tỉnh ở Đồng bằng sông Cửu Long, nặng nhất là các tỉnh: Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng, Trà Vinh, Bến Tre, Tiền Giang, Kiên Giang và Long An.
Xâm nhập mặn sâu đã gây thiệt hại lớn trên diện tích 160.000 ha lúa, gần 127.000 ha cây trồng, đặc biệt là hơn 155.000 hộ dân với trên 700.000 người đang trong tình cảnh thiếu nước sinh hoạt. Vụ lúa hè thu 2016, khu vực Đồng bằng sông Cửu Long nếu khô hạn tiếp tục kéo dài như hiện nay thì toàn vùng dự báo sẽ có khoảng 500.000 ha không thể xuống giống đúng thời vụ, chiếm hơn một nửa diện tích của các tỉnh ven biển và gần 30% diện tích gieo trồng của toàn khu vực.
Trước tình hình hạn hán, xâm nhập mặn đến sớm, sâu trên diện rộng và kéo dài ảnh hưởng nghiêm trọng đến sản xuất nông nghiệp và thủy sản, nhằm giảm thiểu các tác động tiêu cực cho sản xuất thủy sản năm 2016, nỗ lực hạn chế thấp nhất thiệt hại do xâm nhập mặn gây ra đối với hơn 50% diện tích lúa Đông Xuân, 300.000 ha cây ăn trái và diện tích nuôi trồng thủy sản, gắn với hỗ trợ người dân ổn định cuộc sống, khôi phục sản xuất. Tăng cường quản lý, giám sát chặt chẽ vùng nuôi. Chủ động theo dõi sát diễn biến thời tiết, dòng chảy và công tác quan trắc cảnh báo môi trường, cập nhật thông tin và thông báo kịp thời đến vùng nuôi và người nuôi. Tiếp tục nạo vét kênh, mương, khơi thông dòng chảy các công trình thủy lợi, mua nhiên liệu, hỗ trợ người dân bơm nước ngọt cho hoạt động nuôi trồng thủy sản, đặc biệt là tôm.
Tổng cục Thủy sản yêu cầu các Sở Nông nghiệp và PTNT các tỉnh thực hiện khung lịch thời vụ thả giống tôm nước lợ năm 2016 của Tổng cục Thủy sản và tuyên truyền người nuôi cẩn trọng trước thời tiết khắc nghiệt từ tháng 3 đến tháng 5 năm 2016 để tránh thiệt hại, chỉ những hộ nuôi có đủ điều kiện điều tiết độ mặn, nhiệt độ và quản lý tốt các yếu tố môi trường mới thả nuôi.
Khuyến cáo người nuôi cá không nên nuôi cá tại những nơi không đảm bảo nguồn nước, thả giống với mật độ hợp lý và có biện pháp chăm sóc kỹ thuật để hạn chế thiệt hại do hạn hán, xâm nhập mặn gây ra.
Khuyến cáo người nuôi tôm không nên thả giống ở những vùng có độ mặn cao trên 25‰ (không phù hợp cho phát triển của tôm và dễ xảy ra dịch bệnh). Nếu thả nuôi phải chủ động bổ sung nguồn nước ngọt để có độ mặn phù hợp trước khi thả giống và điều chỉnh trong quá trình nuôi khi nắng nóng, độ mặn tăng. Vùng không có điều kiện thì hạn chế thả giống hoặc thả chậm đón mùa mưa vào tháng 6/2016. Phổ biến và hướng dẫn người nuôi thực hiện tốt các biện pháp kỹ thuật ứng phó với tình hình hạn hán, xâm nhập mặn.
Theo dự báo của Đài khí tượng Thủy văn Trung ương, những gì đang diễn ra ở Đồng bằng sông Cửu Long mới chỉ là khởi đầu và El Nino sẽ tiếp tục kéo dài ảnh hưởng đến giữa năm nay, diễn biến ngày càng nghiêm trọng hơn. năm 2016, nhiệt độ trung bình cao hơn trung bình nhiều năm từ 0,1-1,50C, nắng nóng có khả năng xuất hiện sớm, lượng mưa phổ biến thiếu hụt so với trung bình nhiều năm từ 30-50%, khô hạn xuất hiện gay gắt ngay trong nửa đầu năm 2016, nhất là tình trạng xâm nhập mặn trong mùa khô 2016 được dự báo sẽ tăng cao và kéo dài đến tháng 6/2016.