Trong quá trình nuôi tôm, bà con luôn gặp phải vấn đề lớn nhất chính là kiểm soát và quản lí môi trường nước trong ao nuôi. Thức ăn thừa, mùn bã hữu cơ là nguồn dinh dưỡng dồi dào khiến cho rong tảo trong ao nuôi phát triển nhanh chóng, chúng “tranh giành” oxy với tôm, đạt cực đại và xảy ra hiện tượng tảo tàn trong ao nuôi tôm. Đó là những vấn đề gây biến động trong ao nuôi, gây thiệt hại lớn đến hiệu quả kinh tế vụ nuôi.
Trước tình hình trên, các nhà nghiên cứu đã thử nghiệm nuôi ghép các đối tượng khác như cá đối mục, cá rô phi, cá dìa, cua biển,.. với tôm sú hay tôm thẻ để tăng hiệu quả làm sạch môi trường nuôi, hạn chế dịch bệnh, giảm chi phí đầu tư, đồng thời tăng hiệu quả sản xuất.
Đặc điểm chung của các loài này là loài cá ăn tạp, thức ăn chủ yếu là mùn bã hữu cơ, là đối tượng được sử dụng nhằm mục đích tận dụng thức ăn thừa, các chất dinh dưỡng từ chất thải của tôm và rong tảo trong ao nuôi. Hầu hết các đối tượng nuôi ghép đều là loài rộng muối, rộng nhiệt, có thể sống trong môi trường nước mặn và cả nước lợ (độ mặn từ 3-35‰), tùy từng đối tượng. Hình thức nuôi xen kẽ nhiều đối tượng có thể hạn chế rủi ro trong nuôi trồng, giúp ổn định kinh tế cho người dân địa phương.
Năm 2019, Trung tâm khuyến nông tỉnh Khánh Hòa đã triển khai đề tài khoa học cấp cơ sở “Nuôi kết hợp tôm sú với cá đối mục” tại Trại Thực Nghiệm nuôi trồng thủy sản Ninh Lộc, xã Ninh Lộc, thị xã Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa. Thực nghiệm thả nuôi 20.000 con tôm sú với mật độ 10con/m2 và 1000 con cá đối mục với mật độ 0,5con/m2. Đề tài được thực hiện trong 2 ao đất với diện tích mỗi ao gần 2000m2. Trước khi thả giống tôm, ao nuôi đã được cải tạo kỹ lưỡng gồm các khâu như: tháo cạn nước, rải vôi bột, bừa kỹ cho vôi ngấm vào đáy ao, phơi đáy ao. Sau đó, tiến hành lấy nước vào ao khi thủy triều lên cao, rồi diệt tạp, gây màu nước và đo các yếu tố môi trường nằm trong ngưỡng thích hợp thì tiến hành thả giống tôm. Cá đối mục được thả vào ao sau 15 ngày thả tôm. Sau 5 tháng thu hoạch cho năng suất tôm trung bình đạt 1,6tấn/ha, năng suất cá trung bình đạt 1,7tấn/ha. Tổng kết quá trình triển khai cho thấy rằng, môi trường ao nuôi ổn định hơn, năng suất tôm, cá cao hơn so với nuôi đơn 1 đối tượng.
Nhiều mô hình nuôi ghép khác giữa tôm sú và cua biển cho thấy tỉ lệ sống của tôm sú đạt từ 50-60%, còn cua biển đạt từ 50-70%. Mô hình này có chi phí đầu tư ít, tỉ lệ rủi ro và dịch bệnh thấp, giúp người nông dân sản xuất bền vững hơn. Mật độ nuôi của tôm và cua biển lần lượt là 12-15con/m2 và 1-1,5con/m2. Cua càng lớn thì mật độ thả càng thấp. Điều quan ngại của bà con khi áp dụng mô hình này là “sự ăn nhau” trong quá trình lột xác của hai loài này. Điều này là không tránh khỏi. Tuy nhiên, bà con có thể chú ý thời điểm thả cua thích hợp (thường sau khi thả tôm từ 1-2 tuần) có thể hạn chế hiện tượng ăn nhau giữ hai loài. Sau khi áp dụng nuôi thử nghiệm đã cho thấy kết quả thành công ngoài mong đợi.
Hầu hết những loài được nuôi ghép với tôm đều có giá trị kinh tế ổn định. Các loài nuôi ghép có thể thả nuôi luân canh hoặc xen canh. Nguyên tắc lựa chọn đối tượng nuôi ghép của mô hình này là dựa vào tập tính ăn và tập tính sống của các loài này. Cần phải lựa chọn loài nuôi ghép thích hợp với điều kiện ao nuôi, không cạnh tranh với loài nuôi chính. Mục đích của việc nuôi ghép là để tận dụng triệt để không gian sống và lượng thức ăn dư thừa trong ao nuôi tôm, nhằm tạo ra thêm nguồn lợi kinh tế cho người nuôi.
Đứng trước những khó khăn của ngành thủy sản nhất là về sự biến đổi khi hậu bất thường như hiện nay, tình hình dịch bệnh trong các ao nuôi thủy sản ngày càng khó kiểm soát hơn, đòi hỏi người nuôi phải tìm ra các giải pháp nhằm khai thác, sử dụng hợp lí tài nguyên thiên nhiên, đảm bảo cân bằng hệ sinh thái đồng thời tận dụng được tối đa các sản phẩm trong chuỗi nuôi trồng nhằm nâng cao hiệu quả kinh tế. Mô hình nuôi ghép đang là một trong những hướng đi bền vững cho nghề nuôi tôm hiện nay.