Theo khảo sát của Viện Sinh học Nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh: Ở miền Nam nước ta, mỗi ha đất nông nghiệp, nông dân chi bình quân 39,3 USD tiền nông dược, cao hơn miền Bắc 43,2%.
Nếu cứ kéo dài tình trạng này, cùng với việc bón phân hóa học nhiều quá mức thì môi trường nông nghiệp sẽ ô nhiễm, đất đai mất dần độ phì nhiêu. Nguồn lợi thủy sản cũng cạn kiệt, sức khỏe người nông dân, người tiêu thụ nông sản cũng bị ảnh hưởng. Hàng chục năm qua, mỗi năm Việt Nam sử dụng khoảng 10 triệu tấn phân hóa học, lượng nông dược sử dụng từ hàng trăm ngàn tấn.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: Diện tích lúa toàn vùng từ 3,2 triệu lượt ha năm 1995, tăng lên 4,1 triệu lượt ha (năm 2012). Diện tích lúa tăng 900.000 lượt ha, lượng phân cũng tăng lên tương ứng. Còn theo Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long, trong 3 vụ lúa hàng năm, nông dân tại Cần Thơ, Đồng Tháp bón phân hóa học các loại từ 514-613 kg/ ha. Nếu chỉ sản xuất 2 vụ hè thu và đông xuân trong năm, nông dân bón từ 348-435 kg/ ha.
Nông dân các tỉnh còn lại trong vùng cũng bón với số lượng tương tự. Chỉ tính lượng phân bón theo mức thấp nhất (348 kg/ ha) trong 2 vụ lúa đông xuân và hè thu từ năm 1995 đến nay, mỗi năm ruộng đồng vùng đồng bằng sông Cửu Long tiếp nhận từ 1,5-2 triệu tấn phân hóa học. Còn mức nông dược, hiện chưa có số liệu thống kê cụ thể.
Nhưng theo các chuyên gia thì mỗi năm đồng ruộng nhận từ 10.000 tấn trở lên. Chưa tính được lượng nông dược phun xịt, rải trên vườn cây, trong ao nuôi thủy sản tổng diện tích hơn 700.000 ha.
Ngoài ra, nhiều nhà máy, xí nghiệp, cơ sở sản xuất cứ cho nước thải công nghiệp chảy ra sông rạch. Cư dân sống ven sông rạch cũng đổ chất thải sinh hoạt hàng ngày xuống sông rạch càng làm cho môi trường nước thêm ô nhiễm.
Theo Chi cục Bảo vệ Môi trường Tây Nam bộ, từ năm 1995 đến nay, mỗi năm, dân số vùng tăng thêm trên dưới 200 ngàn người (tương đương một huyện), dẫn đến tình trạng phá hủy rừng ngập mặn để lấy gỗ, củi... gia tăng.
Năm 1995, diện tích nuôi trồng thủy sản cả vùng chỉ có gần 200.000 ha, hiện tăng lên 745.000 ha nhưng chất thải nuôi trồng chưa được xử lý hiệu qủa. Cộng với tình trạng nước mặn xâm nhập gia tăng, sử dụng thuốc bảo vệ thực vật qúa mức, nguồn chất thải sinh hoạt, sản xuất công nghiệp... đang gây suy thoái môi trường đất, nước. Rừng ngập mặn đồng bằng sông Cửu Long trước đây có 239 loài cây, 36 loài thú, 182 loài chim, 34 loài bò sát , 6 loài lưỡng cư, 260 loài cá nhưng đến nay chỉ còn có vài chục loài, có loài bị nguy cơ tuyệt chủng.
Hoạt động đánh bắt thủy sản trên biển, phát triển giao thông sông biển, thăm dò, khai thác dầu khí, các khu du lịch ven biển, tàu thuyền đậu ở các cảng cá... cũng thải chất độc hại vào môi trường nước biển. Chất lượng nước mặt trên sông Tiền, sông Hậu và nhiều sông khác ngày càng xấu đi còn do tình trạng nuôi thủy sản trên sông, do nhiều loại chất thải khác đổ xuống mà chưa qua xử lý.
Các tỉnh cũng chưa kiểm soát tốt việc khai thác và sử dụng nước ngầm làm cho mực nước ngầm nhiều nơi bị sụt giảm khá nghiêm trọng.
Hiện gần 3,6 triệu dân sống ở các đô thị đồng bằng sông Cửu Long đã thải ra môi trường khoảng 102 triệu mét khối nước thải/ năm, chất thải rắn trên 600.000 tấn/ năm (đều chưa qua xử lý). Ngoài ra, hàng chục khu công nghiệp tập trung và hàng chục ngàn cơ sở công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp hoạt động xen kẽ trong các khu dân cư. Chất thải rắn (220.000 tấn/ năm), lỏng (47 triệu lít/ năm), khói bụi, tiếng ồn từ những cơ sở công nghiệp đồng bằng sông Cửu Long thải ra góp phần làm cho tình trạng ô nhiễm môi trường tại các đô thị thêm nghiêm trọng.
Số liệu quan trắc môi trường nước trên sông rạch gần các đô thị vùng đồng bằng sông Cửu Long như An Giang, Vĩnh Long, Cần Thơ, Long An, Hậu Giang, Cà Mau... cho thấy hàm lượng các chất BOD, SS, N-NH3, amoniac, coliforms...đều cao hơn tiêu chuẩn cho phép. Hiện các đô thị đều bị ô nhiễm bụi do hoạt động sản xuất công nghiệp, giao thông, xây dựng...Nồng độ khí SO2 , CO, NO2 trong không khí đã vượt tiêu chuẩn cho phép. Ô nhiễm môi trường đô thị vùng đồng bằng sông Cửu Long chủ yếu do tốc độ đô thị hóa nhanh nhưng trong thời gian dài, các địa phương chưa có phương án bảo vệ môi trường tương xứng./.