Tuy nhiên, thời gian gần đây, do diễn biến phức tạp của dịch bệnh, sự gia tăng của vấn đề ô nhiễm môi trường cùng với biến đổi khí hậu nên hiệu quả nuôi tôm có chiều hướng giảm. Thực tế, nông dân thường thả tôm giống với mật độ cao, từ đó lượng thức ăn cung cấp cho tôm cũng rất lớn, cùng với tốc độ phát triển đó thì khối lượng chất thải từ hoạt động này cũng tăng lên đáng kể.
Theo ước tính, trung bình 1 ha mặt nước nuôi tôm thẻ thâm canh thả 1.400.000 con giống, dự kiến sản lượng tôm thu được là 18 tấn, như vậy với hệ số thức ăn 1.2 thì lượng thức ăn cung cấp là 21 tấn, do đó khối lượng thức ăn không sử dụng hết và chất thải của tôm (tối thiểu từ 10 - 20% tổng lượng thức ăn) cùng với tồn dư của các loại hóa chất cải tạo ao, các loại phân bón gây tảo, thuốc thú y thủy sản ước khoảng 4tấn/1ha/1vụ; lượng chất thải ra trong 01 vụ của 3.000ha nuôi tôm thẻ thâm canh ước tính khoảng 12.000 tấn.
Trong nuôi tôm thâm canh hiện nay, việc xả nước thải và chất thải chưa qua xử lý còn khá tùy tiện, nhiều hộ nuôi tôm trực tiếp xả nước thải và bùn ao ra kênh rạch từ năm này qua năm nọ đã gây ô nhiễm nguồn nước chung. Phần lớn dịch bệnh trên tôm phát sinh và lây lan từ các nguồn nước thải này, khiến người nuôi tôm thiệt hại rất nặng nề. Bên cạnh đó, thị trường đầu ra không ổn định, sản phẩm đều bán thông qua thương lái chưa có ký hợp đồng tiêu thụ sản phẩm.
Trước thực trạng đó, trong thời gian qua, Trung tâm Khuyến nông đã triển khai thực hiện một số mô hình trình diễn bước đầu mang lại hiệu quả thiết thực như: Ứng dụng men vi sinh trong nuôi tôm, Nuôi tôm thẻ chân trắng kết hợp cá rô phi, Nuôi cá rô phi luân canh trong ao tôm, Nuôi tôm sú thẻ kết hợp, Nuôi tôm thẻ chân trắng 2 giai đoạn gắn liên kết tiêu thụ, Ứng dụng men vi sinh kết hợp sục khí đáy trong nuôi tôm thẻ chân trắng...
Nhìn chung, các mô hình đều phù hợp thực tế sản xuất của người dân, giúp giảm chi phí sản xuất, góp phần tăng thêm lợi nhuận, tạo ra sản phẩm an toàn và bảo vệ môi trường. Ngoài ra các mô hình nuôi tôm công nghệ cao (nuôi 2 - 3 giai đoạn, nuôi tuần hoàn khép kín) được nhiều nông hộ quan tâm, qua tìm hiểu các tỉnh bạn cho thấy mô hình đạt hiệu quả cao cần được nhân rộng. Qua công tác chuyển giao khoa học - kỹ thuật trong lĩnh vực thủy sản đang dần từng bước chuyển biến theo hướng giảm giá thành, nâng cao chất lượng và hiệu quả, nông dân đã nhận thức được sự cần thiết trong việc thay đổi phương thức nuôi để phù hợp với sự biến đổi khí hậu, môi trường, dịch bệnh. Từng bước chuyển từ phương thức nuôi truyền thống sang nuôi theo GAP và công nghệ cao.
Trong thời kỳ hội nhập kinh tế quốc tế hiện nay, để nghề nuôi tôm phát triển bền vững, nông dân cần phải nâng cao nhận thức, thay đổi tập quán sản xuất, cần đầu tư tập trung, nuôi theo quy trình khép kín, nuôi theo GAP, nuôi tôm 2 giai đoạn ứng dụng công nghệ cao, giảm diện tích ao nuôi, tăng diện tích ao lắng và xử lý chất thải của tôm, sử dụng men vi sinh và tăng cường hệ thống oxy đáy nano để giảm khí độc trong hệ thống ao nuôi, sử dụng nguồn nước tuần hoàn khép kín qua xử lý trong ao lắng bằng cá rô phi giúp giảm bệnh, sử dụng máy cho ăn tự động, lắp đặt hệ thống oxy đáy, ao lót bạt nhằm bảo vệ môi trường, nâng cao năng suất, đảm bảo chất lượng sản phẩm và an toàn cho sức khỏe người sản xuất lẫn người tiêu dùng, từ đó tạo điều kiện thuận lợi để liên kết tiêu thụ sản phẩm tốt hơn, giúp nâng cao chuỗi giá trị sản phẩm và nghề nuôi tôm phát triển bền vững, góp phần tăng thu nhập cho người dân và có thị trường tiêu thụ ổn định để mang lại hiệu quả cao, bền vững.