FDA quản lý các mặt hàng thực phẩm nội địa với tổng giá trị 417 tỷ USD và các mặt hàng thực phẩm NK với giá trị 49 tỷ USD. Theo quy định của FSMA, năm 2011 cơ quan này được phép sử dụng khoản ngân sách 189,5 triệu USD để tiến hành thanh tra các cơ sở sản xuất, trong đó 131,3 triệu USD dành cho thanh tra cơ sở nội địa và 33,2 triệu USD dành cho các cơ sở tại nước ngoài.
Các cơ sở chế biến thực phẩm được phân chia thành hai loại “mối nguy cao” và “không có mối nguy”. Hiện FDA vẫn tiếp tục xây dựng tiêu chí đánh giá cho hai loại này. Chi phí thanh tra được tính dựa trên các tiêu chí như mức nguy hại, quy mô, số lượng và loại sản phẩm chế biến.
Năm 2011, FDA đã thanh tra một nửa trong số 22.325 cơ sở chế biến thực phẩm nội địa có mối nguy cao. Cơ quan này thanh tra khoảng 995 cơ sở chế biến thực phẩm nước ngoài trong số 254.088 cơ sở thuộc diện bị thanh tra, chiếm khoảng 2,3% tổng lượng thực phẩm NK vào Mỹ.
Chi phí thanh tra trung bình đối với các cơ sở chế biến nội địa có mối nguy cao là 21,1 nghìn USD, với các cơ sở không có mối nguy là 14,2 nghìn USD. Chi phí cho các chuyến thanh tra ở nước ngoài trung bình khoảng 24,8 nghìn USD.
FDA đang xây dựng hệ thống kiểm soát an toàn thực phẩm quốc gia thông qua kết hợp với các cơ quan quản lý và tổ chức y tế cộng đồng tại địa phương. Luật FSMA hỗ trợ và tăng cường khả năng thực hiện hệ thống kiểm soát này của FDA.