Đến nay, diện tích nuôi nước ngọt có 890 ha, nuôi nước mặn 370 ha, nuôi nước lợ 439 ha, nuôi tôm công nghiệp hơn 20 ha. Năng suất bình quân toàn huyện đối với nuôi tôm thẻ thâm canh đạt 12,2 tấn/ha; cá truyền thống nước ngọt đạt 2,5 tấn/ha; tôm, cua các loại nuôi quảng canh cải tiến đạt 1 tấn/ha.
Ngoài ra, tôm thẻ chân trắng còn nuôi xen vụ trên diện tích cá nước nước lợ bình quân đạt 1,2 tấn/ha; sản lượng ngao đạt 10 - 12 tấn/ha. Hạ tầng phục vụ NTTS trong thời gian vừa qua đã được Nhà nước quan tâm đầu tư, cải tạo, nâng cấp các công trình, như: Đê sông, đê biển, hệ thống kênh, cống cấp thoát nước vùng nuôi tôm công nghiệp... Cùng với nguồn vốn đầu tư của Nhà nước, các hộ NTTS đã đầu tư hàng năm từ 40 - 50 tỷ đồng xây dựng ao đầm NTTS, các trang trại cá - lúa, cải tạo mở rộng diện tích từ lúa, cói kém năng suất sang NTTS.
Tuy nhiên, nhìn chung người NTTS trên địa bàn huyện Nga Sơn chủ yếu dựa theo kinh nghiệm và áp dụng phương thức sản xuất nuôi quảng canh, quảng canh cải tiến, một số ít hộ phát triển theo hướng nuôi thâm canh nên năng suất, sản lượng còn thấp. Trên địa bàn huyện chưa có cơ sở sản xuất, nhân giống. Các dịch vụ cung ứng thức ăn thủy sản chủ yếu từ các cơ sở kinh doanh thức ăn chăn nuôi gia súc, gia cầm kết hợp thức ăn chăn nuôi thủy sản dẫn tới chất lượng, chủng loại không đáp ứng nhu cầu cho người nuôi. Hơn 95% hệ thống ao nuôi là do người dân tự phát đầu tư xây dựng do đó hệ thống cấp, thoát nước không bảo đảm. 90% vùng nuôi thủy sản chưa được cung cấp điện lưới bảo đảm cho sản xuất; hệ thống giao thông, đập, cống điều tiết cho hoạt động sản xuất còn thiếu. Các trang thiết bị phục vụ công tác kiểm tra, kiểm soát môi trường, dịch bệnh và phòng dịch bệnh thủy sản chưa được đầu tư...
Hiện huyện Nga Sơn đang tập trung xây dựng kế hoạch cụ thể vùng NTTS tại 3 xã Nga Tân, Nga Tiến và Nga Thủy, với diện tích khoảng 330 ha. Đầu tư xây dựng các công trình hạ tầng vùng NTTS, như: Đường giao thông, kênh thủy lợi và hệ thống điện phục vụ sản xuất... Đưa vào khai thác sử dụng có hiệu quả các diện tích mặt nước, bãi triều, ruộng nhiễm mặn, ruộng sâu trũng cấy lúa, trồng cói kém hiệu quả kinh tế. Thu hút các doanh nghiệp, cá nhân đầu tư xây dựng cơ sở chế biến, bao tiêu sản phẩm ổn định cho người NTTS, giải quyết việc làm tại chỗ cho người lao động. Ngoài các thị trường tiêu thụ truyền thống, xúc tiến mở rộng thị trường tiêu thụ ở các thành phố lớn, khu công nghiệp, siêu thị... Tổ chức lại sản xuất theo hướng nâng cao giá trị sản phẩm, gắn kết giữa sản xuất, chế biến và tiêu thụ. Khuyến khích phát triển hình thức liên kết hợp đồng giữa doanh nghiệp tiêu thụ, chế biến với người nuôi hoặc nhóm hộ nuôi. Tập trung phát triển các đối tượng nuôi có lợi thế và đang có hiệu quả kinh tế, như: Tôm thẻ chân trắng, cua xanh, ngao,... các loài cá có giá trị (cá vược, cá mú,...) sản xuất theo hình thức thâm canh. Thành lập các HTX NTTS, các nhóm hộ, hộ gia đình sản xuất tập trung quy mô lớn, liên kết sản xuất gắn với tiêu thụ sản phẩm. Tăng cường chuyển giao, ứng dụng các tiến bộ khoa học - kỹ thuật trong NTTS bảo đảm một cách đồng bộ từ khâu chuyển giao ứng dụng, xây dựng và nhân rộng mô hình. Tăng cường công tác tập huấn, bồi dưỡng về kỹ thuật nuôi, giống mới và sử dụng thức ăn công nghiệp, bảo vệ môi trường, phòng ngừa dịch bệnh đối với vùng nuôi.