Trong những năm qua, tranh thủ sự hỗ trợ của Trung ương, các dự án đầu tư của các tổ chức quốc tế, tỉnh đã tăng cường ngân sách địa phương đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng các vùng NTTS; nhất là đầu tư các công trình thủy lợi, điện lưới... Ngoài ra, UBND các huyện, thị xã, thành phố cũng chủ động lập kế hoạch bố trí ngân sách hỗ trợ các hoạt động khuyến ngư, xây dựng các mô hình, tập huấn, chuyển giao công nghệ, chuyển đổi mục đích sử dụng đất sang NTTS. Từ các nguồn vốn đó, hiện trên địa bàn tỉnh đã triển khai đầu tư xây dựng hoàn thành và đưa vào sử dụng dự án Trung tâm Nghiên cứu và Sản xuất giống thủy sản Thanh Hóa (quy mô 50 triệu con giống/năm); dự án cải tạo, nâng cấp hệ thống đê bao và cống dưới đê phục vụ vùng NTTS xã Hoằng Phong (Hoằng Hóa) với diện tích 137 ha.
Dự án hạ tầng vùng NTTS Đông - Phong - Ngọc (Hà Trung). Hiện đang tiếp tục đầu tư xây dựng dự án nâng cấp hạ tầng nuôi tôm công nghiệp tập trung tỉnh Thanh Hóa, quy mô 140,66 ha nuôi tôm tập trung tại các xã Nga Tân (Nga Sơn) và Thanh Thủy (Tĩnh Gia) với tổng kinh phí 112,1 tỷ đồng; dự án đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng vùng NTTS tập trung các xã Minh Lộc, Hòa Lộc (Hậu Lộc), diện tích 80ha NTTS, với các hạng mục xây dựng, như: Trạm bơm cấp nước biển, công trình điện phục vụ trạm bơm, đường, cống, kênh cấp nước chính, ao trữ nước và đê bao đầm nuôi. Tỉnh cũng đã đề xuất Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) xem xét bổ sung vùng nuôi ngao các huyện Hậu Lộc và Nga Sơn vào chương trình giám sát quốc gia để có kế hoạch sản xuất, kiểm soát dịch bệnh hiệu quả... Ngoài ra, trên địa bàn tỉnh còn có 44 trại giống cá nước ngọt hàng năm sản xuất 900 triệu cá bột các loại phục vụ NTTS. Công tác phòng trừ dịch bệnh trong NTTS được Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ động giám sát dịch bệnh, quan trắc môi trường tập trung tại các địa phương trọng điểm. Dự án đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng vùng NTTS Đông – Phong – Ngọc (Hà Trung) được triển khai thực hiện từ năm 2016 đến năm 2018 với mục tiêu đầu tư cơ sở hạ tầng cho 250 ha đất NTTS nước ngọt của các xã Hà Đông, Hà Phong và Hà Ngọc, với tổng kinh phí 59,3 tỷ đồng. Dự án đã đầu tư xây dựng 5 tuyến kênh có tổng chiều dài 4.611m, 8 tuyến đường giao thông nội đồng dài 13.392m, hệ thống điện phục vụ NTTS. Nhờ được đầu tư cơ sở hạ tầng nhân dân trong vùng dự án đã mạnh dạn đầu tư phát triển trang trại NTTS kết hợp trồng trọt, cho hiệu quả kinh tế cao. Nhiều trang trại tập trung phát triển kinh tế tổng hợp có doanh thu hàng năm đạt từ 1 đến 2 tỷ đồng, như: Trang trại NTTS kết hợp chăn nuôi của gia đình ông Lê Ngọc Vy, xã Hà Phong, có diện tích 2,8 ha; trang trại gia đình ông Trần Văn Triệu, xã Hà Ngọc; trang trại gia đình ông Lê Minh Công, xã Hà Phong...
Hiện nay, diện tích NTTS trên địa bàn tỉnh có 19.000 ha; trong đó, 7.700 ha nước mặn, lợ và 11.300 ha nước ngọt, tập trung chủ yếu ở các huyện Hậu Lộc, Hoằng Hóa, Quảng Xương, Tĩnh Gia, Nông Cống... Mặc dù, tỉnh đã nỗ lực trong việc đầu tư nâng cấp, phát triển hạ tầng phục vụ NTTS, nâng cao năng suất, sản lượng thủy sản. Tuy nhiên, một số dự án NTTS đã và đang triển khai, nhưng thiếu vốn khiến dự án chậm tiến độ. Trong khi vốn đầu tư cải tạo ao, đầm... cho NTTS rất lớn mà người nuôi thì hạn chế về nguồn lực kinh tế. Một số hệ thống công trình cấp nước chính (các tuyến kênh cấp I, II, các cống đầu mối, các cống đập điều tiết nội đồng) chưa được đầu tư xây dựng hoặc bị bồi lắng do lâu ngày không được nạo vét. Qua thực tế tại một số vùng nuôi tôm công nghiệp ở các huyện Hoằng Hóa, Hậu Lộc, Quảng Xương... phần lớn các hộ tận dụng hết diện tích để đầu tư ao nuôi, không có ao lắng nên khi tiêu nước mang theo chất thải, gây bồi lắng kênh mương, khi lấy nước vào ao nuôi thì chất lượng nước không bảo đảm. Tại các vùng chuyển đổi đất sản xuất nông nghiệp kém hiệu quả kinh tế sang NTTS của các huyện Triệu Sơn, Đông Sơn, Nông Cống, Tĩnh Gia... gần như sử dụng hệ thống thủy lợi hiện có phục vụ mục đích sản xuất nông nghiệp là chính, hệ thống kênh cấp và tiêu được sử dụng chung. Việc đầu tư cơ sở hạ tầng, hệ thống kênh, mương chính, kênh nội đồng đều chưa đủ về chất lượng, số lượng để đáp ứng cho NTTS. Hệ thống xử lý nước cấp và nước thải hầu như các hộ nuôi chưa thực hiện đúng quy trình kỹ thuật. Các diện tích NTTS nằm rải rác, không tập trung, nhỏ lẻ và manh mún, nên khó khăn trong đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng.
Thực hiện Kế hoạch số 104/KH-UBND ngày 16-5-2018 của UBND tỉnh về chương trình mục tiêu phát triển kinh tế thủy sản bền vững tỉnh Thanh Hóa, giai đoạn 2018-2020. Theo đó, đến năm 2020 diện tích NTTS toàn tỉnh đạt 24.000 ha; diện tích nuôi các đối tượng lợi thế, như tôm chân trắng 500 ha, sản lượng 7.500 tấn, tôm sú 3.610 ha, sản lượng 1.220 tấn; ngao Bến Tre 1.500 ha, sản lượng 15.000 tấn; cá rô phi đơn tính 100ha, sản lượng 2.000 tấn. Chủ động sản xuất, dịch vụ cung ứng đạt 100% giống các đối tượng nuôi thủy sản chủ lực; 100% giống tôm sú, tôm chân trắng là giống sạch bệnh. 100% diện tích nuôi tập trung thâm canh các đối tượng nuôi chủ lực đạt chứng nhận VietGAP hoặc chứng nhận tương đương. Phát triển các vùng NTTS thâm canh tập trung ứng dụng công nghệ cao, đầu tư cơ sở hạ tầng đồng bộ, áp dụng khoa học - kỹ thuật, quy trình sản xuất tiên tiến để mở rộng sản xuất. Để thực hiện được mục tiêu kế hoạch, các sở, ngành có liên quan của tỉnh và các địa phương tiếp tục kêu gọi, tạo điều kiện cho các thành phần kinh tế đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng phục vụ NTTS. Nâng cấp, mở rộng các trung tâm, trại sản xuất giống đã có, xây dựng thêm trại sản xuất giống nước ngọt; khuyến khích các doanh nghiệp, cơ sở sản xuất giống tư nhân củng cố và mở rộng quy mô. Rà soát, đánh giá về điều kiện cơ sở hạ tầng phục vụ NTTS tại các vùng tập trung, đề xuất các dự án cải tạo, nâng cấp nhằm phát triển NTTS theo hướng hàng hóa, nâng cao giá trị gia tăng và thích ứng với biến đổi khí hậu.