Theo thông tin từ Tổng cục Thủy sản, hồi tháng 4-2015, ngay sau khi nhận được thông tin về sự việc “kiểm nghiệm khống” hơn 800 sản phẩm thức ăn thủy sản và sản phẩm cải tạo môi trường nuôi trồng thủy sản, tổng cục đã thành lập Tổ công tác để xác minh thông tin. Căn cứ thông tin, hồ sơ, tài liệu thu thập được trong quá trình xác minh, Tổng cục Thủy sản đã làm rõ hành vi vi phạm của các cán bộ có liên quan thời điểm đó đang công tác tại Trung tâm Khảo nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định nuôi trồng thủy sản.
Theo đó, các cá nhân có liên quan đến vụ việc đã cố ý làm sai quy định, cố tình ghép phụ lục, đưa thêm một số sản phẩm là chất xử lý cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy sản vào lưu hành. Có những phụ lục được cắt ghép từ văn bản gốc đã ban hành trong năm 2013 nhưng thời điểm thực hiện cắt ghép là năm 2015.
Nhận thấy hậu quả nghiêm trọng từ hành vi trên, thời điểm đó, Tổng cục Thủy sản đã cách chức Vụ trưởng Vụ Nuôi trồng thủy sản đối với ông Bùi Đức Quý, nguyên là Giám đốc Trung tâm Khảo nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định nuôi trồng thủy sản; buộc thôi việc 1 công chức, 5 viên chức của trung tâm trên…
Đồng thời, Tổng cục Thủy sản cũng ban hành 4 quyết định thu hồi và nộp ngân sách nhà nước số tiền 1,176 tỉ đồng. Đến nay, các cá nhân bị thu hồi tiền đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước theo quyết định của Tổng cục Thủy sản.
Bên cạnh đó, để khắc phục hậu quả, Tổng cục Thủy sản đã ngăn chặn không cho lưu hành các sản phẩm bị các đối tượng cố tình đưa vào phụ lục bằng cách ban hành văn bản thu hồi các văn bản, phụ lục văn bản bị ghép; ban hành văn bản hướng dẫn các địa phương, doanh nghiệp trong việc xử lý đối với các sản phẩm bị đưa vào phụ lục không đúng quy định. Tổng cục Thủy sản cũng tổ chức đoàn kiểm tra đột xuất tại TPHCM là địa phương có nhiều doanh nghiệp có sản phẩm bị thu hồi. Hiện tại, Tổng cục Thủy sản vẫn tiếp tục chỉ đạo tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra các sản phẩm này.
Tuy nhiên, "quá trình xử lý” sự việc nghiêm trọng trên chỉ được Tổng cục Thủy sản thông tin trên website của mình khi hàng loạt cơ quan báo chí thông tin về vụ việc. Vì vậy, dư luận hoàn toàn có quyền đặt câu hỏi, liệu chỉ cách chức giám đốc trung tâm; thu hồi tiền cho ngân sách nhà nước; ban hành các văn bản thu hồi các văn bản đã bị cắt ghép... liệu đã thỏa đáng? Và còn hàng triệu hộ nông dân nuôi trồng thủy sản kể từ hai năm trước, chẳng may mua nhầm những sản phẩm thủy sản kém chất lượng thì thiệt hại của họ ai sẽ đền bù...?