Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn cho biết, đến hết tháng 12-2016, các tỉnh ĐBSCL có 1.380 hợp tác xã. Bước vào tái cơ cấu, tổ hợp tác của 13 tỉnh đồng vùng ĐBSCL đã có những bước phát triển mới. Đến cuối năm 2016, bình quân mỗi tỉnh có 1.367 tổ hợp tác, tăng bình quân mỗi tỉnh hàng năm 163 tổ. Tổ hợp tác phát triển mạnh ở tỉnh Cà Mau năm 2016 với 3.364 tổ; Long An với 1.863. Xét ở khía cạnh ngành nghề, tổ hợp tác phát triển mạnh trong lĩnh vực trồng trọt và thủy sản. Cà Mau hiện có 1.404 tổ hợp tác trồng trọt và 1.730 tổ hợp tác thủy sản. Tính đến thời điểm hiện tại, Cà Mau là tỉnh có số tổ hợp tác nhiều nhất trong vùng ĐBSCL.
Về kinh tế trang trại, năm 2016, vùng ĐBSCL có 6.586 trang trại, vùng có số lượng đứng thứ 2 sau Đông Nam bộ. Tỉnh có trang trại phát triển nhất là Bạc Liêu với hơn 3.536 trang trại, chủ yếu là nuôi trồng thủy sản với 2.917 trang trại. Trang trại tỉnh Bạc Liêu phát triển khá nhanh và đa dạng cả về quy mô sử dụng đất đai, lao động, tiền vốn và nội dung, cơ cấu sản xuất, kinh doanh.
Thực hiện tái cơ cấu và triển khai Quyết định số 62/2013/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về chính sách khuyến khích liên kết gắn sản xuất với tiêu thụ nông sản, xây dựng cánh đồng lớn, toàn ngành nông nghiệp vùng ĐBSCL đã tập trung chỉ đạo xây dựng mô hình liên kết ở vùng ĐBSCL.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn và Hiệp hội Lương thực Việt Nam đã chỉ đạo 16 doanh nghiệp thuộc Hiệp hội ở 8 tỉnh vùng ĐBSCL thực hiện thí điểm liên kết sản xuất gắn với tiêu thụ lúa gạo cho diện tích 12.886 ha. Trong đó, phần diện tích được doanh nghiệp bao tiêu sản phẩm trên thực tế là 9.923ha, đạt 80%. Hai hình thức phổ biến là liên kết doanh nghiệp với nông dân thông qua hợp tác xã, tổ hợp tác và trực tiếp giữa doanh nghiệp với nông dân.
Vùng ĐBSCL cũng đang tập trung xây dựng mô hình thí điểm liên kết sản xuất gắn với tiêu thụ lúa gạo, xây dựng cánh đồng lớn tại 4 tỉnh ĐBSCL (bao gồm Đồng Tháp, Kiên Giang, Long An và TP Cần Thơ).