Đối với nguyên nhân gây bệnh cho ốc hương, Chi cục Chăn nuôi và Thú y Khánh Hòa cho biết, do người dân sử dụng thức ăn tươi sống nuôi ốc hương, trong khi loại thức ăn này có nguy cơ gây nhiễm khuẩn cao. Bên cạnh đó, yếu tố môi trường và nước trong ao nuôi không đảm bảo cũng gây bệnh cho ốc. Mặc dù các ao nuôi ốc thường xuyên thay nước nhưng nước xả ra không được xử lý, dẫn tới, nước từ vùng nuôi bệnh truyền sang vùng nuôi khỏe theo hệ thống mương cấp thoát nước chung, khiến dịch bệnh lây lan. Đối với tôm hùm, tỷ lệ hao hụt do các loại bệnh trong quá trình nuôi tôm hùm thời gian qua khá cao (gây thiệt hại khoảng 15-20%). Nguyên nhân do môi trường nuôi ngày càng ô nhiễm, chất lượng thức ăn không đảm bảo, mật độ nuôi dày đã khiến các loại bệnh lây lan.
Bên cạnh đó, cá bớp tại huyện này cũng bị thiệt hại do mật độ thả nuôi quá dày cùng với việc thiếu oxy trong nước cho cá thở. Trước thực tế trên, Chi cục Chăn nuôi và Thú y Khánh Hòa khuyến cáo người dân nuôi cá nên nuôi thưa lồng, kéo dãn bè nuôi ra nơi vùng nước thông thoáng, tránh xa khu vực có tàu thuyền ra vào thường xuyên. Riêng ốc hương cần thay nước mỗi ngày và sử dụng các chế phẩm sinh học để cải tạo môi trường nước ao nuôi. Để phòng và trị bệnh cho tôm hùm, cần bổ sung các chế phẩm sinh học, vitamin và khoáng chất. Trong quá trình nuôi, cần thả tôm hùm với mật độ hợp lý; quản lý và điều chỉnh lượng thức ăn, không để thức ăn dư thừa làm ô nhiễm môi trường vùng nuôi.
Ngoài các vấn đề thủy sản bị chết hàng loạt do ô nhiễm môi trường, theo kinh nghiệm sản xuất của những năm trước, thời điểm giao mùa như tháng 9 âm lịch là thời điểm xuất phát nhiều loại dịch bệnh và có thể bùng phát các loài vi tảo trên khu vực vịnh Vân Phong. Vì vậy, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Khánh Hòa cũng đã khuyến cáo các địa phương và người dân nuôi trồng thủy sản trên vịnh Vân Phong cần chú ý theo dõi hiện tượng tảo nở hoa.