Do đó việc hình thành Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ là nền tảng để tỉnh Quảng Trị thực hiện việc quản lý tài nguyên và môi trường biển, hải đảo một cách tổng hợp, thống nhất và có hiệu quả theo Nghị định 25 của Chính phủ. Đồng thời có ý nghĩa pháp lý to lớn vì góp thêm cơ sở và cung cấp các công cụ hành chính, pháp luật trong việc đấu tranh bảo vệ an ninh chủ quyền quốc gia, chủ quyền biển, đảo trong phạm vi vùng đặc quyền kinh tế Việt Nam.
Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ được thành lập theo Quyết định 2090 ngày 14/10/2009 của Ủy ban Nhân dân tỉnh Quảng Trị, chính thức đi vào hoạt động ngày 21/4/2010 tại huyện đảo Cồn Cỏ, nhằm nâng cao nhận thức của người dân về khái niệm đa dạng sinh học, nguồn tài nguyên biển và công tác quản lý, bảo vệ, bảo tồn và phát triển bền vững tài nguyên biển cho hôm nay và thế hệ mai sau.
Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ có tổng diện tích 4.532 ha, bao gồm 3 phân khu chức năng: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt có diện tích 534 ha; phân khu phục hồi sinh thái 1.392 ha; phân khu phát triển 2.376 ha. Về mức độ đa dạng sinh học, đến nay đã phát hiện có khoảng 113 loài san hô, 57 loài rong cỏ biển, 67 loài động vật đáy, 19 loài giáp xác, 224 loài cá biển khơi, 87 loài cá rạn san hô, 164 loài thực vật phù du, 68 loài/nhóm động vật phù du; trong đó có nhiều loài hải sản quý hiếm, có giá trị kinh tế cao như tôm hùm, ghẹ, hải sâm, vẹm xanh, điệp, cá thu, cá mú, cua biển, mực, san hô sừng.
Tổng trữ lượng nguồn hải sản vùng biển đảo Cồn Cỏ ước tính đạt khoảng 40.000 tấn, sản lượng khai thác bền vững khoảng 12.000 tấn/năm. Ngoài ra, một loài đặc trưng ở Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ không thể không kể đến là loài cua đá, có chất lượng và giá trị kinh tế cao, đã từng đi vào thơ ca về một thời chiến đấu anh dũng kiên cường của quân dân trên đảo, hiện nay đang được chính quyền địa phương nỗ lực bảo vệ.
Tại Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ, rạn san hô có tầm quan trọng rất lớn đối với nguồn tài nguyên thủy sản, cũng như ảnh hưởng đến mức độ đa dạng sinh học của khu bảo tồn biển. Vì vậy, việc bảo vệ các rạn san hô có ý nghĩa quan trọng đến sự phát triển bền vững, hơn nữa rạn san hô đảo Cồn Cỏ được đánh giá trong tình trạng tốt. Song do khai thác thủy sản quá mức, cộng với ô nhiễm môi trường đã và đang ảnh hưởng xấu đến rạn san hô nơi đây.
Vì vậy, Ban quản lý Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ đã tiến hành lắp đặt hệ thống phao đánh dấu phân vùng, đồng thời phối hợp với Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản, Đồn Biên phòng trên đảo tổ chức tuần tra, giám sát bên trong và bên ngoài xung quang Khu bảo tồn biển. Thành lập nhóm tình nguyện viên là những người dân sống trên đảo vừa làm công tác tuyên truyền, vừa tham gia tuần tra, giám sát và phát hiện kịp thời những hành vi gây tác động xấu đến Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ.
Bên cạnh đó, để góp phần nâng cao nhận thức của cộng đồng, nhất là các em học sinh về bảo vệ môi trường và đa dạng sinh học biển, tăng cường tuyên truyền giáo dục cho học sinh nhận biết được mục đích và lợi ích của khu bảo tồn mang lại, Ban quản lý Khu bảo tồn đảo Cồn Cỏ phối hợp với các trường phổ thông ở các xã ven biển, tổ chức phát động làm sạch bờ biển và thi tìm hiểu về bảo vệ môi trường, đa dạng sinh vật biển với hơn 2.000 học sinh tham gia. Các hoạt động trên nhằm tạo hiệu ứng tích cực đến các gia đình và cộng đồng dân cư, qua đó họ sẽ có hành vi và cách ứng xử đúng đối với môi trường và tài nguyên biển./.