Tiềm năng, lợi thế của NTTS ở tỉnh Quảng Nam chưa được khai thác nhiều do dịch vụ hậu cần chưa phát triển đồng bộ, cơ sở sản xuất, nuôi trồng thủy sản nhỏ lẻ, công suất thấp, chất lượng con giống cung ứng chưa đảm bảo, cơ sở hạ tầng vùng nuôi, nhất là vùng triều còn rất sơ sài, công trình ao nuôi xuống cấp, môi trường vùng nước lợ nhiễm bẩn, đặc biệt đối với các ao nuôi lót bạt trên cát chưa được xử lý, một số cơ sở nuôi trồng không nằm trong quy hoạch sản xuất giống thủy sản, nên không thể mở rộng quy mô đầu tư.
Tại các vùng NTTS chưa có hệ thống thủy lợi nước ngọt hợp vệ sinh, kể cả vùng đã được quy hoạch, xây dựng dự án phát triển sản xuất nuôi trồng thủy sản, do đó, các hộ nuôi phải sử dụng nguồn nước lấy trực tiếp từ các sông, biển, giếng ngầm nên ô nhiễm nguồn nước cấp, lây lan dịch bệnh, ảnh hưởng đến sản xuất và môi trường. Khó khăn lớn nhất của việc phát triển NTTS hiện nay là ở khâu tổ chức sản xuất và đầu ra sản phẩm. Chất lượng sản phẩm làm ra chưa đạt hiệu quả, sức cạnh tranh trên thị trường thấp. Số lượng doanh nghiệp chế biến thủy sản trên địa bàn tỉnh còn ít, sản lượng thu mua thấp, ảnh hưởng đến việc nuôi trồng của người dân.
Để giải quyết những khó khăn, vướng mắc, phát triển NTTS tương xứng với tiềm năng, lợi thế, trong thời gian đến, tỉnh Quảng Nam cần hỗ trợ người dân trong khâu ứng dụng khoa học công nghệ vào sản xuất, có cơ chế hỗ trợ cho các cơ sở sản xuất con giống, hỗ trợ trong việc thực hiện quy hoạch, khoanh vùng nuôi trồng, thực hiện các cơ chế, chính sách khuyến khích liên kết sản xuất, chế biến và thương mại thủy sản theo chuỗi giá trị sản phẩm; hỗ trợ khi dịch bệnh, thiên tai xảy ra. Có chính sách đào tạo đội ngũ cán bộ khoa học kỹ thuật chuyên ngành có trình độ cao, đồng thời tổ chức tập huấn kỹ thuật, xây dựng mô hình sản xuất cho người dân.